サイエントロジー教会には、さまざまな宗教活動をひとつにまとめて調整する教会組織が存在します。それらの活動には宗教サービスと実践を提供することだけでなく、布教活動、教会の管理運営、情報の伝達、普及用の資料の制作や他の多くの機能があります。したがって、サイエントロジー宗教の共同体は、共通の信条と実践によって結び付けられ、その宗教的な使命に沿った独特な機構となっています。
この階層の下位レベルには地域で活動する個人の聖職者、サイエントロジー宗教グループ、教会のミッションがあり、入門のオーディティングとトレーニングを提供することに携わっています。上位レベルには、宗教サービスとして上級レベルのオーディティングやトレーニングを提供する、より大きな教会組織があります。
国際的な教会管理機構がすべての教会に広がっています。この経営管理機構は国際サイエントロジー教会からそれぞれの地域に責任を持つ一連の大陸連絡局を通じて、ダイアネティックスとサイエントロジーの精神的な哲学と技術がそれらを望む人の手に渡り、L. ロン ハバードが説明した通りにサイエントロジーのサービスが正確に適用されていることを確実にするために支援し、調整し、活動します。
サイエントロジーの教典の宗教的な実践は正統な方法で行われる必要があるため、このように階層分けされた管理機構は、個々の教会がこれを行うために必要な宗教的な支援と指導を確実に受けられるように助けます。ですから、すべてのサイエントロジストは、世界中のすべての教会で正統な宗教的実践が行われていることを確信しています。
各サイエントロジー教会は個別の法人組織であり、その役員会によって管理されています。役員と課長も、教会の運営に携わっており、教会員と地域へのサービスの提供に対して全責任を負っています。